此时的东昌知府常任贤是少有的军籍兼进士出身的“武转文”，因此在兵事乃至民政等方面都还算略通一二。在东昌府任知府一职也有一段时间，是以对此时临清到东昌一带的守备还算是略有所知。
可也正因为如此，让常任贤对临清一带的防备还是有不少的信心，因为他知道那是不少大户的心腹所在，同时也不缺银钱。兵力仅仅不过万余人的流贼就算战斗力在强，在没有多少像样西洋重炮的情况下也休想攻破哪怕像临清这样的城市。有明一代不同于其他的朝代，洪武到永乐年间庞大的动员力还有元代技术条件的改善，让全国很多府县都修建了十分坚固的包砖城墙。再加上火器和火炮的运用越来越广泛。以往那些看起来还算靠谱的攻城手段，诸如楼车、云梯、堆土等等面临越来越的的挑战。可以说是越来越有利于防守的，
然而，几万豪强武装云集的临清几乎在一夜，甚至可以说半夜加一天的时间就被攻破的消息传来的时候，包括常任贤在内的不少当地大户都有些坐不住了。很多还算聪明的人在第一时间就选择了出城逃亡以自保。
可是却没有想到，也就在东昌府内的一些大户们感觉到风声有些部队，刚刚收拾好行囊准备轻装跑路的时候，高杰等人所率领的千余骑闯军率先赶到了东昌外围一带，以骑射围杀俘虏了不少刚刚打算逃出城区的人。
东昌府做为运河沿线的重要府城，这时候也拥有两千人左右的正规明军驻守，在早有准备的情况下临时动员起来的守城力量也多达四五万之众。见到前来的流贼并不算多，很多城内的明军也就有了出城迎战建功立业的心思，不过当看到远处原来越多的人马聚集过来，即便没有万余人也有几千之众的时候还是放弃了这个心思。
这也是经过这几个月以来流动作战的实践，李自成所率领队伍的一个经验总结：拷问和挖地财是一件多少要耽误一定时间的事情。而且如果过于仓促的话肯定有不少遗漏。因为就算是大户人家，家主或头目也不一定就能了解所有下人们的私财地财的去处。不过只要人跑不了，大多数地财的银钱就终究跑不了。不论男女老幼，每一个富贵之家的家属家眷几乎都相当于“移动的银两”，以最快的速度获得和俘虏这些人才是最重要的，成为了此时李自成所率领队伍的一个常识。
为了追求自大的利益，针对东昌的进攻仍然没有拖拖拉拉。白天的时候守军连绵不断的炮火乃至火器威胁之下，人数并不算太多的大军装作弱势似乎并不敢攻城的样子。
不过到了夜晚的时候，复制在临清之战中的战术，快速的突击还是在临近黎明的时候很快施展开来。因为如果在傍晚进攻，恐怕很多得到城防失守消息的人都会外逃。而仅仅不过万余兵力的此时的李自成所部还没有足够的兵力来围困如同东昌这么大的府城。因此，也只能采取速战速决的战术。
常任贤的实战经验并不算丰富，手下的不少军官乃至临时动员起来的豪强家丁们同样没有见过射术优良的弓箭手以火箭集中沿着城头的方向展开侧射压制的战术，很快就被在攻城流程方面越来越娴熟的闯军攻上了城头，并在几千支轮流填装集中射击战术的火器压迫之下被占领了至少连绵两里的城头，可东昌城终究不是城头周长只有十几里的临清可以相提并论的，虽然在最初的溃败中损兵数以千计，可在不少正规明军以火炮压阵的情况下还是逐渐遏制住了溃败的势头。
此时的李自成乃至高杰等人也没有丝毫的犹豫，在天色蒙蒙亮并且还没有彻底亮起来的情况下就以披甲兵携带事先准备好的草图并携带了不少了解当地情况的乞丐的情况下针对城内展开了近战突袭，以千余精兵绕过城头防线直扑城内。
原因当然也是在兵力不足的情况下，控制整个东昌城头是很困难的。但这一次作战目标就非常明显：就是控制住城内的诸多“肉票”，地盘并不重要，人才是最重要的。
自从富平之战以来第一次还算像样并开始遭受不少死伤的激战也很快在这时候展开了。整个万余人左右的队伍只在城头上留守千余人左右，用于看押关键俘虏，并在城墙外侧留守千余人准备追击在天亮后随时可能逃亡出城的人，主力七八千人开始绕过城头防线展开了对城内不少院落的突袭与巷战。天色渐渐亮起来的时候，交锋也日趋白热化了。
如果此时的整个东昌府已经被包围，城内的不少人完全没有退路的情况下，战斗力也就是稍强一个层次的李自成所部要想吃掉城内众多豪强家丁骨干少说也要付出千余人的伤亡损失，这还得是骨干头目同样认真作战的情况下。可当天亮之后很多人都看清这不仅算不上什么“围三阙一”连对东昌府的围困都谈不上的时候，很多守军也在这时候消极应对，更多的豪强家丁骨干则选择了尽量逃亡，不过仓促之下，虽然很多家主带着核心的家丁与心腹逃出了城外，可很多留在城内的家眷却来不及带走。
就这样，在整个东昌府的守军丧失了顽抗意志的情况下，也就在白天的时候城内的不少地方还存在激烈的交锋，可当夜晚再次来临的时候，就连在城头上观望的丁壮和守军也开始逃亡起来。
又一天过去，当城内零星的抵抗也被集中兵力逐一解决，整个东昌府内又俘虏了数以千计的“肉票”之后，威逼与拷饷也就在这时候展开了。同时，为了弥补以前人手不足带来的问题，整个李自成所部的队伍在增加了不少新投军而来的力量之后也重新发展到了两三万人左右的规模。
也几乎就在李自成所部攻克东昌府的消息传到北直隶境内之后，之前一直在磨磨蹭蹭的萧轩所率领的人马，也开始以正常的行军速度向着目标展开了行军。