爱松古、巴颜率军至南阳后，发现事情并不如他们想象的简单，谭泰部的确守住了南阳城，也击退顺军的多次进攻，但城中役病横生，竟有半数将士因役病卧床不能起。
谭泰本人病情也越发严重，先两次上城都是由军士用担架担上城的，脖子肿胀的连头盔都戴不了。
城中粮草倒是还能坚持一段时间，但城内军士疫病情况让爱松古生出退堂鼓，其担心这波疫病会蔓延到他的部下，便同巴颜商议将城中实情相告后方忠王，还是主张放弃南阳，等疫情过后再择机北上与顺军对决。
然在史可法的压力下，阿济格未同意爱松古退兵请求，仍命其坚守。
事情到这里也令人匪夷所思，史可法自为南京兵部尚书以来，向来便指挥不动任何兵马，当年瓜州之战镇江总兵张天禄更是直接将这位堂堂阁部丢在江北，今日拥兵数万的忠王阿济格却将史可法视为恩主，事事奉令，当真是让人难以置信。
阿济格也是有苦难言，作为丧家之人，若不依靠于明朝有极大威望的史可法，又哪里能在荆襄落脚。
襄阳派出一些医官郎中至南阳，可是药材稀少，且根本不知满蒙士兵所染并非瘟疫，也不是疟疾，而是血吸虫病，故而根本无法有效治疗，致使不少满蒙大兵病情加剧死去。
血吸虫病的狂虐之下，此时的阿济格部，无论是南阳前线还是后方的荆州，到处都是生不如死的满蒙大兵，军心士气极其低迷。
攻打南阳城的顺军党守素部虽不曾退兵，但之后组织的两次攻势也没有奏效，甚至还被爱松古袭营，双方在南阳城下你攻我守，你防我备的足足僵持了二十四天。
这二十四天内，除了阿济格自己向南阳派出援军，明朝于湖广地区的其它军队没有一支赶来增援，反而发生了两起内讧。
一是二王内讧；
二是吴王内讧。
二王指的是被明朝封为兴安王的王体中，封为建国公的王得仁。
王体中与湖北巡抚章旷勾搭成奸，此人对于兴安王一封倒也满意。然而王得仁却没能如愿封王，只获了个建国公，心下对章旷及南都都有怨恨，对封王的王体中也是不服，结果一来二去不知怎的和秦王左梦庚麾下总兵、获封赣国公的金声桓联络起来，酝酿率部脱离王体中到江西与金声桓“合伙”。
王体中这个兴安王自是不肯让王得仁分走他这个兴王安的实力，结果二人矛盾日益突出，终在四月十七日双方发生火拼，结果王体中被王得仁所伤，不得不率残部逃到岳州境内。
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