一直清理北近江田地和人口，而按兵不动的黑川庆德，甚至于二十六日已经带军回师，直到了美浓国境内，但是在永禄八年七月一日，突然回军率军渡过琵琶湖，立刻包围了比叡山。
由于大屠杀和小谷城的陷落，再加上黑川庆德的回师，四千退走的僧众信徒在这时走向了分裂，大部分信徒僧众就地解散各回本地本寺，而另有几百人驻到了越前国，而退回到比睿山的不过三百人。
就这样，在不到一天的时间内，二万余大军重重包围了比睿山，围的滴水不漏，而比睿山虽然立刻敲响了警钟，连忙武装起来，但是可战之兵不过几百，其它的全部是无战斗力的和尚，以及一些寄住在此的信众。
黑川庆德并没有立刻攻打，他安排诸军的防线，等全部包围了比叡山之后，天已经黑了，然后黑川庆德就派遣了一个信使连夜上到比睿山，要求这块圣地上的和尚立刻投降。
黑黝黝的比睿山与夜空一夜，而在山下，赤红的篝火光星罗棋布。篝火光旁边，是，挤满了黑川家的士兵，他们或站或立，不时向着隐约可见的山头上的寺庙看上去，在焦急地等待着。
主公黑川庆德的最后通牒已经派人上去了，比睿山延历寺在黎明前的态度将决定它的命运。
而在军营之中，已经准备好了攻击，每个士兵都分到了饭团和热汤，长矛、长刀的锋芒不时在篝火光中闪烁，军营一片沉静，只有巡逻和低声的命令声在其中连绵不断。篝火熊熊的火光中映出来的许许多多年轻的面孔，有狂热的，有平静的，有思念家人的，总总不一而举。
所有的士兵都有一种激烈战斗后的疲劳，或者说是杀戮之后的疲倦。不过，他们的使命还没有完成，他们平静的坐在了篝火旁，将最后一口饭团吃下。
就在这时间，一声角号响起，撕破了夜中平静的军营，响彻整个夜空，角号声之后，所有的士兵立刻站了起来，队长已经开始整队，到处是一声声的命令之声，也传来了盔甲和武器碰撞的声音。
“果然，身为佛教徒，不向我这个佛敌屈服吗？”黑川庆德并没有看着信使，轻笑着说，那口气之中平淡而轻松，但是己方任务失败的信使，身上却一阵战栗，跪伏在地上，不敢稍动。
不过，黑川庆德并没有迁怒他的意思，他温声说道：“你连夜交涉，辛苦了，下去休息去吧！”
等己方使者退了出去，他才冷笑一声，虽然心中也没有想着比睿山会投降，但是比睿山的不识时务还是激怒了他，他心知比睿山为什么胆敢如此，无非是自持比睿山，特别是延历寺长久以来都是天皇家庙，又是整个日本佛门的圣地，任何一个敢对它动刀兵的人，都会引起朝廷和整个国家上下的震动和反噬，政治上的影响非常恶劣。