对于这一批俘虏，自然不可能像大中军兵将那样得到厚待，但是就地遣散也不是办法，肖天健便提出了一个建立建设兵团的想法，将这批俘虏调至一些边境地区，准其将家人也带上，一起前往这些偏远之地进行编管屯耕。
北方因为天灾战祸的原因，原来边境地区很多地方重新变成了荒芜之地，对于土地的利用率远没有后世那样的见缝插针般的密集，所以还有大量的荒地可供屯耕，可是既然是偏远之地，生存条件肯定要相对恶劣一些，普通的民众是不愿意轻易便去这些地方落户的，唯有通过强力政策，先将一些俘虏送到这些地方安置，带到这些偏远之地各种生存条件改善之后，方能推出各种优惠政策，吸引内地百姓移民，这个办法也是对偏远地区开发的一个不错的办法。
肖天健提出这个想法之后，立即便得到了文武两方的支持，于是在天元三年下半年的时候，大中军便开始了正式的裁军。
一批批俘兵开始被拖家带口的遣送往了各地的偏远地区，而一些老弱残兵也开始在领取到遣散费之后，逐步的返回原籍接受安置，虽然这裁撤遣散这么多兵将，对于大中朝来说，一下便要支出一大笔银子，但是为了今后大中朝的长治久安，户部方面还是想办法咬着牙将这笔钱拨了出来。
但是作为遣散人员，诸军之中的那些在各地讲武堂结业的学员兵们，却被肖天健要求尽数保留了下来，这些人乃是肖天健好不容易培养出来的职业军人，不同于一般招募的兵卒，他们每个人都接受过严苛的训练，对于大中朝和肖天健都非常忠诚，战场上表现的也非常勇敢，一旦将他们裁撤回家，那可就让肖天健心疼大了。
趁着这次南方平定和裁军的机会，肖天健又一次对大中军进行了一次结构性的调整，对大中朝各地军队进行了重新编列，按照原来大中军推行的五五编制，对诸军进行再一次的整编。
大中军现在基本独立作战单位是师一级的作战单位，每个陆军师除了编入五个标准战兵营之外，还另外编入一个师属斥候连，一个师属炮兵营，一个师属辎兵营，一个师属工兵连。
而一个营则下辖五个战兵连，一个斥候小队，一个营属炮兵连，如此类推，使得一个整编师齐装满员的话，兵力达到一万人左右。
另外在师一级的作战单位之外，增设一个团一级的独立作战单位，通过裁撤一些部队的同时，以留下的人员组成独立骑兵团、独立工兵团、独立炮兵团、独立辎兵团等独立兵种的部队，平时不编入作战师，但是在战时可随时按照需要，将这些独立团编入到作战集团之中，作为补充和加强使用。
对于多出的人员进行裁撤，不足的人员进行以其他军中裁撤之后留下的精兵进行补充，使之都达到齐装满员状态。
原来大中军共划分成了四个镇军外加一个战区，另外还有一个直属近卫军，这一次趁着整编的机会，肖天健又一次对大中军进行了重新划分。
取消镇军称呼，并且效仿后世称呼，将镇军改称为军区，成立西北军区、中原军区、北方军区、西南军区、东南军区、辽东军区以及一个近卫卫戍军区，共七大军区。
军区长官的称呼也改称为军区司令长官，下设一个参谋长直领一个军区参谋部，另设两个副司令长官，来构成军区指挥系统，根据其作战任务的强度不同，各辖四个到七个作战师不等。
西北军区还是主要负责陕西、山西一带的防务，司令长官继续由阎重喜担纲。
北方军区主要负责河北、宣大、山东一带的防务，司令长官由刁正担纲。
中原军区主要负责河南、湖广、南直隶一带的防务，司令长官继续由刘宝担纲。
西南军区则主要负责四川云贵三省的防务，司令长官由李栓柱继续担纲。
东南军区则主要负责浙江、福建、两广一带的防务，司令长官由石冉担纲。
辽东军区则主要负责辽东一带的军务，司令长官由罗立担纲，但是暂时辽东还被建奴控制，辽东军区暂时驻于已经改称为北平府的顺天府和永平府，一部分暂时驻于山东登莱一带，下一步大中军势必发动第二次北伐，光复辽东之地，辽东军区方能移驻到辽东。
还有一个近卫卫戍军区现在情况比较特殊，暂时驻在南直隶，负责拱卫现在的临都南京，和中原军区防地有所交叉，但是大中朝已经决定，今后会定都北京，所以今后卫戍军区会随着都城的迁都，也会移至北平府驻防，第一任司令长官由刘耀本担纲。
至于其他跟着肖天健出身的陆师大将们，则基本上都出任了各军区的副司令长官，但是因为赵二驴因为和李栓柱素有间隙，肖天健将其调至了东南军区做了石冉的副手。
本来肖天健是想要让罗汝才出任东南军区司令长官的，这作为他对罗汝才这么多年来，对他一直俯首帖耳鼎力支持的一种嘉奖，但是在年初攻打云南之战中，罗汝才却在军前得病，险一些丢了性命，虽然后来在一些名医的努力下，保住了性命，但是身体却大不如从前了，罗汝才自己也知道没法继续在军中干下去了，平定云南之战结束之后，罗汝才便主动请辞，要求回乡荣养。
于是肖天健只好授罗汝才为定南伯，准其退出军中，并在南京城授其一座大宅，作为他退役之后荣养之所，并且由大中朝终身供养，作为对罗汝才这些年来功劳的回报，罗汝才欣然同意，就此退出了军中，回到了南京城荣养。
但是就在这次的大整编定下来之后不久，阎重喜也因为旧伤复发一病不起，无法继续担任西北军区司令长官之职，于是也请辞退役，肖天健感念于阎重喜劳苦功高，准其退役，授其为三等平西公，在洛阳授其府邸，供其颐养，西北军区司令长官则改由李凌风继任。
除了陆师之外，海军方面也进行了整编，原本统一的海军，以松江府长江口为界，划分成了北方海师和南方海师两个部分。
刘江出任海军总司令长官，原海军大将萧如风出任北方海师司令长官，刘岩明出任南方海师司令长官。
原来海军船只和人员重新划分，将一批兵将和船只划拨到了原本实力很弱的北方舰队，大大扩充了北方舰队的实力。
而北方舰队的总部则没有选在原本设施比较好的登州，而是被肖天健指定选在了浮山所，也就是后世的青岛，另外船队的驻地也选择在了浮山所和威海卫以及登州三地，作为北方海师的主要靠泊补给基地。
至于南方海师的总部则设在了宁波府，船队驻泊地则主要以舟山、温州、泉州、广州四地为主要停泊之地。
整个对军队整顿持续到天元三年年底才彻底结束，所有军队完成了整编和裁员以及换防等事务。
至于海军方面在平定海南岛之后，提出的要出兵征讨台湾，逐走霸占台湾的荷兰人之事，肖天健暂时给压了下去，原因无他，只因为随着南方诸省的平定之后，大中朝下一步用兵的重心要迅速朝北方倾斜，尽快解决盘踞在辽东的建奴，暂时肖天健不想两线用兵，只等解决了建奴这个大麻烦之后，他才会下手解决台湾甚至于琉球国乃至是吕宋的问题。
但是虽然南方诸省永历之乱虽已平定，但是永历帝朱由榔却并未被大中军擒获，在大中军攻占云南的时候，朱由榔见势不好便在一些死忠的随扈之下，落荒逃入了缅甸，被缅甸王收留。
这件事令肖天健很是不喜，历史上朱由榔也是逃到了缅甸，可是没想到这一次他早于历史十几年的时间，却还是没有抓住朱由榔，于是肖天健着令李栓柱在平定云南之后，派兵出征缅甸，对缅甸王施压，迫使缅甸王交出朱由榔。
在天元三年底的时候，李栓柱派出了一支由两个西南军区的轻装山地师从云南出发，进入了缅甸，开始对缅甸王朝用兵，但是缅甸北方山林密布，气候条件和道路条件相当恶劣，虽然大中军入缅，但是这一场仗注定不会打的很顺利，短时间之内估计不会取得太大的成效，但是肖天健认为，这是一场不对称的作战，并不需要投入太多的战力，消耗太多的资源，迟早还是可以解决缅甸的问题的。
最起码这一次西南军区入缅作战，也要将整个缅北给纳入到大中朝的国土之中，逼迫缅甸王对大中朝俯首称臣不可，但是这样的小规模作战，他就全权交给了李栓柱负责，至于他的精力，则开始再一次放在了北方。
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第一百八十八章 第二次北伐
整个天元三年，肖天健就这么在忙忙碌碌之中渡过，这一年对于大中朝来说，也是一个至关重要的年份。
大中朝在这一年之中，平定了整个南方诸省，另外完成了对大中国防军的重新整顿，划分出了新的控制区。
再者肖天健还在这一年之中，对原来的明朝行政区划进行了重新划分，将湖广按照后世的行政区划分成了湖北和湖南两省，而南直隶也划分成了江苏和安徽两个省，至于北直隶则将原来的顺天府从北直隶划分了出来，改称为了北平府，下辖原来的顺天府和永平府两地，其余的北直隶之地也改称为河北省。
至于行政管理方面，原来大明实行的是承宣布政使司制度，和按察使司、都指挥使司三司共管。
但是现如今大中朝改行军区制度，将军队的管辖权全部单列出来，文武分治，所以都指挥使司就没必要存在了。
于是肖天健将原来各地的承宣布政使司改称为了行省，重新构架起了行政管理制度，每个省暂时保留巡抚的称谓，其实就是省长，另外在巡抚之下，设立几名副职，在巡抚之下分管工农商学以及司法等各种事务，其中司法则直隶朝廷，作为单独的部门设立，地方官员无权干涉司法部门的事务。
至于原来飞州府县等行政区划，则原则上予以保留暂时不予变动其隶属关系，官职上也继续暂时保留知府、知州、知县等官职，省的搞出什么市长县长之类的称谓，让人不好接受。
总之大中朝军政分开，文不主军，武不干政，各行其责，省的像以前那样，文官管军事，管的是一塌糊涂，武将插手地方事务，结果发展成军阀集团，文武官员都去干他们该做的事情，改变以前地方文官胡子眉毛一把抓的办法，做什么都纯粹一些。