杨秀清也考虑到独立水营的需要，在请示了洪秀全之后，便任命罗大纲为水营正丞相。而平时素不做声的韦昌辉，则推荐自己的弟弟韦志俊担任罗大纲的副手。水营大约8000人。
石达开离开太平军的时候，给留下了五百杆洋枪，太平军这一路征战，能打的还有三百多杆。太平军见识了洋枪的厉害，也知道洋枪要集中使用，早有专门成立一个火营的心思。现在既然建水营，洪秀全就顺势提出建火营，并推荐自己的妻弟，天慕赖汉英为火营丞相。赖汉英于是掌率火营全部火枪，以及三门西洋炮（六磅炮），500正兵，300副兵。
长沙之战，太平军使用地道火雷攻击城门，颇有收益。于是专门成立了一个土营，以曾水源为丞相，专管穴地攻城之法。火营大约5000人。
水营、火营、土营三个营的设立，是太平军的战法逐渐转向专业化和合成化的开始。除此以外，太平军还开始推行点检制。
太平军本来的军队编成，是效仿周礼，一军13000人左右，下设五师二十五旅。然而，在实际的操作中，每军从来没有超过2500人，一旦有个好汉来投奔，就给他一个“军帅”的头衔，有的军帅甚至下辖只有一百多人。太平诸王、侯深感指挥不便。
现在在益阳，借着水火土三营的设立，杨秀清也开始整编陆营。也就是说，除去蒙得恩指挥的老营，包括水营、火营、土营在内，青壮部队，一律采用点检——监军编制。
不管队伍什么来路，一律以人数定编制，500人设一监军，两监军为一总制，两总制另加一监军，也就是2500战士，设一名点检，而诸王侯就指挥这些点检。
对于以前给各大头目的军帅头衔不变，但只是作为一级职衔，不再对应具体的部队。
10月4日，杨芳从宁乡“追至苍水铺”，发现太平军己经在益阳沿资江两岸设防，浮桥竣工，舟师严整，摆出了临战姿态。出队接仗，诈败诱敌。清军“追至碧津渡”，正觉得手，太平军三路大军“取齐，登棉花仓，与陆贾山逼近，施放巨炮”，炮火猛烈，人多势众，向陆贾山发动总攻。清军.’不能支，遂溃”，丢下了他们的统帅杨芳。太平军遂聚歼了这支清军，“乘势追杀，自三里桥至石头铺等处，约毙官兵七八百名”，杨芳年迈，无力逃脱包围，投河而死。
清军在1月6日齐抵宁家铺，徐广缙借口清军“无船可渡，各镇追剿之军一时不能绕出贼前”。太平军“既已掳船，则水路可自龙阳至常德，亦可自湘阴至岳州”。他与向荣均不能断定太平军的动向。而且杨芳新死，向荣是广西客军，指挥不动湖南诸军。一时间清军群龙无首，太平军得以安然进攻岳州。
由于水营的组建，洪秀全，杨秀清又放弃了从常德下河南的企图，重新“首重长江。”
岳州是两湖重镇，为洞庭湖通向长江的锁钥，系武汉三镇门户。占领岳州，即可直下大江，洪秀全等在全州制定的“首重长江”大计划则可实现。岳州富庶繁荣，商业发达，船只帆概如云，稻米、木材、油盐等物资均由此集散。而且是清军晌道要地，府库充盈，对军资匾乏的太平军具有强烈的吸引力。
10月12日，岳州知府廉昌率大小官员逃出府城。全城内外惊慌混乱，居民纷纷迁避。
10月15日，太平军决定攻城。巴陵知县胡方谷提前逃跑。中午，太平军陆师“由南而至”，分三股攻城。驻守此地的湖北提督博勒恭武，当太平军还在“离城五里之马号地方”，就全军自行溃散，逃往武昌，提督带头开了小差，城守营也随即逃亡。岳州“城门大开，无人把守”，太平军不战克城。
攻克岳州后太平军获得了资江下游、洞庭湖东岸大批船只，约数千艘。大批水手、船民参军，唐正才也在岳州入营，被杨秀清委任典水匠，
唐正才湖南道州人。他在漕运粮船里当水手。当时粮船和盐船的水手们，给押运的官役弁兵重重的压迫克扣，他们冒寒暑，犯风波，沿江沿河纤拉船只，长年劳动，鹑衣枵腹，捱饥受寒，对清廷怀有仇恨。他们每年从南到北，成帮来，成帮去，人众心齐，一呼百应，却成了很好的团结。
正才便是他们的一个帮的首领。他骁勇善大刀，在漕运中学得一手搭浮桥的好技术。
太平军到岳州的时候，正才等成千上万粮船水手正聚集在岳州，平等王杨秀清接见唐正才，嘉奖他们说：「兄弟，你们来得正好，圣兵千万，正要出长江，下江南，你们来立头功！」封为典水匠，辅助罗大纲管理水营。水营也扩编至12000人。
同时，沿途会党、农民纷纷投军，“及至长沙而上，四府土匪附洪者数万人。”巴陵晏仲武起义、浏阳周国愚起义、枚县谢友百起义、郴桂焦洪、许月桂起义，纷纷投奔太平军。太平军现在军兵力当在八万人。陆师除了步兵之外，还有了骑兵。
太平军获得了充裕的军资。除了粮食、油盐、银钱外，新获的大批炮械、火药，足资装备新战士，所获粮物则由船只运载。太平军长期存在的军资困难初步解决。
太平军打开了进人长江、直驱武汉的门户，“千江健将，两岸雄兵。鞭敲金镬响，沿路凯歌声。”太平天国战争史上威武雄壮的大进军即要从岳州开始。
注：这一节的事件发生在左宗棠出吐鲁格尔特山口之前，但为了保持叙事的连贯性，放在后面发。
另注：太平军的军制混乱而复杂，而且太平军并非本文最大重点，因此加以简化，直接以每点检2500来计算。对历史中太平天国军制有兴趣的可以参看附录中的《太平天国军制》
18分权
“发匪留岳州四日。由洞庭湖人江，后队水师，在林子口、土星港各处抢掳船只。已窜过岳州地面，复夺民舟五千余，遂东下。水路沿岸则有陆师相伴进，发匪陆路占领城陵矶，控制入江咽喉。水陆并下，前路并无阻拦，势必径扑武昌、汉阳等处。”10月20日，向荣向徐广缙报告。
杨芳所部溃散后尚未收拢，向荣身为客军，指挥不灵，他遂以所部兵少为由，始终与太平军拉开一两天行程，从岳州至武昌的进军途中，双方没有发生过大的战斗。
秦定三、李瑞、王锦绣、瞿腾龙等5000余名兵勇在临湘与向荣会和，向荣手执徐广缙的回书，压服众人，总算凑齐一万五千余人的大队，迤逦北上，可又苦无船只，只好走陆路，慢慢挪向湖北。
湖北由于长沙会剿的原因，巡抚赵柄言手头不过两千兵勇，提督博勒恭武跑回来之后，又新幕了近千人。这就是武汉三镇防御的全部兵力。
10月23日，太平军“大队自陆路至，踞城东钵孟山、洪山、小龟山、紫荆山，向所筑营垒皆为贼有。复围文昌、望山、保安、中和、宾阳、忠孝、武胜等门”。洪秀全等凭借人数众多的水陆大军，以陆路军驻屯武昌东、南线，“凡东城洪山、南城江岸，遍立栅垒，以阻援师，遂与江上舟船成水陆相辅之势。”
10月24日辰刻，太平军水师“扬帆徐徐顺流东下，须臾尽泊武昌对岸鹦鹉洲”。数千艘兵船出现在武昌江面。武昌城遂被水陆合围。
两岸清军慌忙“开放大炮，并师船开炮迎击”，击沉了太平军二只划船。
面临太平军的浩荡进军声势，未经征战的赵柄言一筹莫展。“堵守城谍尚属不敷”，对江汉阳、汉口，“均无兵勇防守，实属万分危急”。
清军没有船只和水师，太平军则有数千船只，江面的控制权已经在太平军控制之中显而易见。清军虽然筑一浮桥沟通武昌、汉阳江面，但无法守住浮桥。在太平军优势水师与步兵的联手强攻下，清军是很快丢失了这条水上交通线。博勒恭武只能够在力量极端劣势的情况下，集中兵力，利用坚城与火力，防御省城。
太平军见清军聚集武昌，江北汉阳、汉口空虚，遂将舟师驶向汉阳江面。汉阳府城“扼束江表，一大别之山，临高阻深，其势狭而险固。国家划郡，与武昌并峙。方七里。鄂州恃汉阳为蔽，汉阳失而鄂不可保”。
但赵柄言已经没有多余的兵力了，寥寥发动些民夫，还未上城楼，就一哄而散。总制黄玉昆轻取汉阳，升点检。
汉口富商，自太平军出现在武昌江面的时候就“迁徙一空。”该镇是全国名镇之一，“为东南通简”，“百货山积，万商云聚”，但无清军据守。太平军乘势亦在10月24日占领这一著名商业重镇。当天晚上开始，唐正才带领水营连夜构筑浮桥，次日天明竣工，武汉三镇江面交通线迅速沟通，对于围攻武昌具有重要战略价值。
汉阳、汉口的攻克使太平军处于更加有利的军事态势。武昌江面已为太平军控制，可以由水上对省城西线展开攻坚，文昌、平湖、汉阳诸门都受到太平军的严重威胁。由于江面交通线被太平军控制，城内清军的粮株、军资补给中断，十几万居民及兵勇的生活资料供应困难，这成为赵柄言等无力摆脱与解决的沉重负担。
就在这个时候，向荣率军赶到了，而曾国藩，江忠源的湘勇并没有随后跟来。
“湖北为四达之区，自东南而四北，必道湖北，争荆、襄;自西北而东南，必道湖北，据上游，以临赣、皖。”在太平王庭的会议上，杨秀清这样分析，“武昌为天下重镇，如吾等破之。北窥荆州，则蜀、豫震动;顺流东进，则芜、皖、金陵一鼓而下。”武昌战役的成败，关系到未来战局的发展。
于是，杨秀清要求：“以夺取武昌为第一要务。”
“可是，”洪秀全说道，“向荣那妖贼，已到武昌郊外的长虹桥。向荣这厮，狡如狐，滑如鼠，屡战屡败，却溃而不散，从广西一路纠缠到湖北，着实讨厌，我听说他现在只有不到两万人马，不如乘机了结了他。平等王，你看呢。”
“对，乘着向荣势单力孤，就此结果了他吧。”博爱王冯云山也说道，“向荣这厮十分狡猾，还需平等王九千票亲自去对付他。”
“那武昌这边怎么办？林凤翔，李开芳带领九个点检，曾水源带领土营，罗大纲的水营，都已经布好了阵势。”
“武昌不用担心，林天威，李天毅，带领的都是广西老兄弟，一路来打老了仗的。”冯云山慢慢说道。
柳叶飞听到这话，心里一动，抬头看了看洪秀全。大伯礼玺天德面沉似水，看不出在想什么。
太平军自起兵以来，虽说大政方针由康股瑞斯决定，但在军事指挥上，一直有杨秀清，萧朝贵决定，萧朝贵战死以后，则基本由杨秀清在军事上负责，也就是说，所有有指挥权的侯，都在实际上听命于杨秀清。