当然北方的消息传到南方后，郑藩上下痛心疾首，自认为南京之变及刘宁安部主力的东撤让北伐大军失去了一举奠定胜局的机会，因此对明室更是冷眼相待、破口大骂；而北京的康熙得到南方的消息后也一度也捶胸顿足，认为常宁的擅自撤退丢了扭转战局的良机，因此下令夺了他的主帅之位，以庄亲王博果铎取而代之。
好在双方的主帅毕竟都是一时的英主，知道错过了便错过了、世上没有后悔药可吃的道理，更何况他们清醒的认识到最终导致双方偃旗息鼓的是天意而非人力，因此短时间就调整了心态，把目光移向接下来的大战。
接下来可能的大战会出现在哪？只要稍微知道历史，就能一眼发现目标。是的，守江必守淮，但无荆襄便无淮，这个道理不但康熙明白，郑克臧也是懂得。既然如此，那么眼下尚在进行的武昌围困战就势必牵动双方的注意力。
于是康熙和郑克臧都开始想尽办法向湖广堆积兵力。不过，横亘在郑军面前的尚有扼住长江咽喉的安庆，若不能拔出这个眼中钉肉中刺，不但不能大规模的用兵湖广，还要担心新近得手的淮南江北之地的安全。对于清军而言，若是占据甘肃的策妄阿拉布坦得陇望蜀或是不愿意撤军，那被牵制在陕西的川陕晋豫等省绿旗兵也轻易不能南调。
怎么办？双方唯有争夺时间，看是郑军先打下了安庆，还是清廷这边先安抚了西准大军。当然，武昌城下的战斗也很重要，可以说将决定整个战役的先后手。
八月二十五日，首批增援的郑军抵达瑞昌。第二天，来不及休整的郑军水陆齐进，一举击破当面清军的阻截，顺顺当当的解救了被围近月的兴国州（阳新）。
八月二十七日清晨，郑军水师长江舰队一部自阳新出击，中午时分在东坡赤壁附近的武昌县（鄂州）江面处成功截获清军运粮船队一支，俘获大小粮船二十三条并俘获随船渡江的清军援兵八百人，依次为发端，清军在武昌（县）至嘉鱼间的水上交通再度中断，清军被迫改以夜间偷渡以维持江南部队的补给，效率自然大不如前。
八月二十八日，西进洞庭增援王新化部的长江舰队一部驶向荆州，沿途一路释放铳炮，驱散民船。警讯传来荆州震动，清军不敢在江上迎击郑军，便准备采用铁锁横江的办法阻击郑军前进。但横江的铁索却成了郑军回炉炼铁的原料，荆江两岸的联系依旧被阻断。只是郑军水师的舰船数目有限，身在敌控区又不能过于分散行动，因此清军还是能通过荆州上游与江南继续联系。
八月二十九日，率部与洪磊会师的郑克臧在安庆城下检校三军，冲天的欢呼声连城内都得以耳闻。正当安徽巡抚兼安徽提督王维珍百般安抚下属、坚定守城意志之时，郑克臧下令湖广总兵洪拱柱与江西总兵吴淑对调职务。同时郑克臧急令身在南昌的吴淑赶赴兴国州主持大局，并且再抽调龙骧军两师增援武昌。
同日，郑克臧又任命席大平为淮南总兵，主持沿淮防线设置。鉴于此时安庆城下尚有包括新建三师在内的十九个师及编余的新附军六千余人，郑克臧便又拨出其中三个北调庐凤，同时又命勇卫军第一师统制杨伯康率所部及新附军两千进兵六安直隶州，以预防清军从大别山北麓及颍州府南潜入战区。
九月一日，围攻武昌的清军攻破城北草埠门（又名为武胜门，在积玉桥处），情急之下，守将崔过拆东墙补西墙，从文昌门、汉阳门、平湖门一线抽调兵力紧急救援。虽然花了九牛二虎之力打退了清军的进犯，但西城三门同时又派人告紧。
眼见得武昌府城破在即，江上突然传来隆隆的炮声。原来横行的长江舰队见势不妙，果断逼近江南，对进攻三座城门的清军后方阵地实施猛烈炮击。指挥攻城的清军主帅沙纳海因为担心郑军水兵在关键时候上陆对清军施以背后一击，所以只好下令已经登上武昌城头的清军撤兵。由是，当日的武昌府城才得以侥幸保全。
不过，城内的疲态尽显，若是援军再不至的话，恐怕城破就也在眼前。
为此，抱病赶往兴国州指挥战事的吴淑闻讯不敢怠慢，立刻驱动三万大军直薄武昌县。围攻武昌的清军迫于外线压力，不得不放松了对武昌府城的进攻，转而实施围困，主力东移，试图先行击溃前来解围的郑军。
此时，南线的王新化部也在郑克臧的反复严令下以一部北进，刚刚附敌的通城、崇阳、蒲圻等县随即再度转换门庭宣布效忠大明，活生生的上演了一幕城头变幻大王旗的奇景。
但是王新化的步子还是太慢，通城三县易帜后，在嘉鱼、咸宁、通山等地投清的刘部多有归附之意，可王新化却担心冒进之后遭到清军主力的打击，因此迟迟不能应诺。既然南线的威胁不大，自然清军得以从容调度，把全部精力用来应对西来的郑军。
可沿江进至武昌县境内的郑军却遭到了一场突如其来的危机：主帅吴淑本来就是抱病而来，此时往来奔波，再加上劳心劳力，一时间便病情加剧卧床不起了。
在此情况下，几位平级的都统制或言退兵或言坚守或主张继续进兵，彼此无法相互说服，不得不一方面派船赶赴安庆汇报请示，另一方面在舰队的掩护下沿江就地筑营坚守。
清军方面并不知道郑军出现的变故，但郑军行动的诡秘却让沙纳海窥出几分机会。
由是，一夜军议之后，清军决定立刻进攻，抢在郑军建成营砦之前将其击溃。然而，沙纳海万万没有想到，郑军利用水泥在短时间内就筑起了若干工事，虽然因为尚未彻底干透而不甚坚固，但其所设想的趁虚而入的计划却就此破产了。
郑军各师依托现有工事，远则炮击，近则施以步铳，再加上江面上的红单船屡屡发炮助战，清军虽然几度猛攻、伤亡不小，但却收获不大，连一座郑军的堡砦都未攻克。
受到挫折的沙纳海并不甘心就此罢手，他转而想切断郑军的粮道，但是郑军有水师助战，滚滚长江是清军无法阻断的天然通道，因此沙纳海的图谋再度破产。不得已，清军只能依城立砦，与郑军形成对峙。就这样，王新化的北进部队就成了战役的关键。
然而，王部却没有这个觉悟，在迟疑了数天之后，王新化部最终缓慢北进。可机会已经错过，原本答应投入王部门下的刘军部将李高再度为清军开出的价码所诱惑，对王部闭门不纳，王部困顿于咸宁城下，只得做攻城准备。
沙纳海抓住这一机会，派出一千多人的马队轻骑百里间袭。正在攻打咸宁的王部根本没有想到清军会如此迅捷的出现在自己面前，于是在猝不及防的情况下，万余兵将当场溃散，清军顺势掩杀，王部不但尸横数十里，惨状无以描述，而且丢了刚刚到手的崇阳、通城，丢盔卸甲的遁回岳阳。
但沙纳海的这番胜利于大局无补，就在他获得咸宁大捷的前一天，刚刚转任江西总兵的洪拱柱率三个半师的郑军在分宜、宜春、芦溪三战中连续击败入寇的湖南清军之后，并顺势反攻入湖南境内。