而回到山海关以后，多尔衮以“不听军令”和“图谋不轨”的罪名，斩杀豪格，并进一步夺取了满清的权利。可接着他又闻噩耗，楚格的飞马镇顺利地突破了索尼部的阻截。进入到了宁远、镇远两城。
有了飞马镇二万四千多骑兵和一万民夫的加入，再加上运送了大量的粮草军械，清军非但封锁不了这两座关外的城池，而且要时刻防备着大平军的出击，截断清军的退路了。所以现在的清军。在两城一关的战役中，立刻处于绝对被动的局面。
而遭受了重大伤亡的大平军，也暂时失去了进攻的能力。而且在这天的战斗中，抱病作战的马守应，也在战后因劳累过度去世，这也让吴世恭是唏嘘不已。但不管怎么说，大平军达到了封锁清军入关的战略目标。因此可以说，是取得了一场决定性战役的胜利。
而在接下来的七、八月间，清军得到了阿巴泰部的补充。而来自四川、陕西、湖广、山东和江南等地的大平军，也一支支地开赴到了山海关战场。再加上训练完成的辅兵也补充到了战损的部队中，大平军的实力不仅仅得到了恢复，而且得到了进一步的加强。
在此期间。清军也几次出关与大平军鏖战，但是随着战斗力越拉越远，清军突破山海关封锁线的希望也是越来越渺茫。
在八月末，多尔衮见难以打开局面，只能在山海关留守吴三桂的关宁铁骑一部和清军一部共四万人马。挡住大平军的出关。自己则率领主力先赴朝鲜战场，要解决掉大平军的这支偏师。
可是当山海关大捷的消息传到江南，郑芝龙倒是很见风使舵，他把自己能集中起来的所有海船都借给了大平朝，做出了一场精彩的“变脸”表演。
不过郑芝龙的借船，倒恰好解决了大平军的困难。台风季节一过，大平军一万二千兵马再次跨海入朝。得到了这支援军，面对着清军主力，水师陆战队总能够自保有余了。随着接下来第三批六千援军和大量火炮军械的入朝，大平军在朝鲜的安州防线终于是稳固了下来。
穹源元年十月，已经集结了二十一万兵力的大平军，开始发动了对山海关的总攻。大平军五万兵马由赫飞率领，由长城关隘出关，对山海关形成了两面夹击态势。
十月初九，索尼、鳌拜部见大平军援军将至，就主动撤除了对宁远、中原两城的围困，退至锦州组成新的防线。而山海关也就成为了孤城一座。
十月十三日，大平军与吴三桂的关宁铁骑在西罗城进行激战，大平军小胜，使得关宁铁骑失去了出城野战的能力。接着，大平军全军猛攻东罗、北翼二城。
见已经被重重包围，吴三桂遣使至大平军军中，商议投降。可大平军一反常态，对吴三桂提出了苛刻的投降条件。不仅要把关宁铁骑全军改编，而且关宁铁骑的将领将失去指挥权成为平民，并失去他们在关外拥有的所有土地。
而这一切主要是源自于吴世恭对历史上吴三桂的恶感，所以这苛刻的条件使得吴三桂对投降是犹豫不决。
十六日晚，山海关内出现叛军，向大平军献城投降。大平军趁势冲入城中，吴三桂也在战乱中身亡。山海关收复。
而山海关的收复，也证明了连成一片的关宁防线的重新建立。随着大平军的主力出关，朝鲜的水师陆战队得到进一步的加强，再加上对草原上亲蒙古部落的打击，满清已经被大平军的层层枷锁围困上了。
平清大战战局已定！
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