在《虫虫特工队》首映式，保罗提前来到了剧院，大门隔绝了外面的纷纷扰扰，保罗围着前厅打了圈招呼，然后看到了盛装打扮的布兰妮·斯皮尔斯和克里斯蒂娜。
和她们聊了几句，很快就到了电影开始的时间。
在一个美丽的蚂蚁王国，大家整日都在辛苦的工作，一只名叫菲力克的蚂蚁有着自己的爱好——发明创造。
尽管他辛辛苦苦法发明了一种“收割机”，但王国的统治者蚁后和安塔公主还是看不起他和他的发明。
蚂蚁王国最大的威胁是一群蚱蜢，这群蚱蜢总是抢夺蚂蚁们的粮食，他们是蚂蚁王国头顶的乌云。
在一次蚱蜢进行掠夺时，菲力克不小心把粮食碰到了悬崖下，恼火的蚱蜢首领霸王抓住了公主的妹妹小不点来出气，并威胁说如果他下次来得不到双倍的粮食，就会血洗蚂蚁王国。
由于菲力克把粮食都弄丢了，大家把心中的恐惧和不满发泄在了他的身上，蚂蚁王国决定驱逐菲力克。
为了留在自己的族群，菲力克来到了城市，想要找到一群强大的虫虫战士，好打败蚱蜢，结果阴差阳错之下，它找来了一群失业的马戏团演员。
来到蚂蚁王国后，蚂蚁们并不十分相信这些模样古怪的昆虫，并且昆虫们自己也有些害怕，打了退堂鼓，准备离开这里，虽然得知昆虫们的真实身份后菲力克很失望，但他极力阻止昆虫们离开，否则他会被蚂蚁们认为是个大骗子。
后来他们遇到了昆虫的天敌鸟儿，这群马戏团演员救出了菲力克和小不点，得到了蚂蚁们的好感，也找回了自信心，而且菲力克受到了鸟儿的启发，决定做一支假鸟来吓退蚱蜢。
假鸟完成了，霸王也带着它的恶棍军团逼近了蚂蚁王国，谁知道马戏团的老板来找他的昆虫演员了，当蚂蚁们得知昆虫们是马戏团的演员时，失望万分。
蚂蚁王国驱逐了菲力克和昆虫们，恰恰这时，蚱蜢军团到了，在小不点的劝说下，菲力克和昆虫们决定一起迎战蚱蜢，虽然假鸟开始吓住了蝗虫的进攻，但种种意外下，霸王识破了假鸟，准备一举摧毁蚂蚁王国。
电影渐渐接近了尾声，如同所有好莱坞的主流电影一样，总会无限贴近主流价值观，《虫虫危机》自然也不会例外。
通过一群昆虫，它尽情展现着责任、团结和自由等价值取向，尽管多少有些说教的嫌疑，皮克斯工作室却通过一些有趣的场面，使得这些极好的融合进了电影里，让观众开怀大笑的同时，又不知不觉间为这些昆虫的命运感到担忧。
好人永远都会战胜坏人，坏蛋总不会有好下场，这毕竟是全年龄段电影，结局几乎是好莱坞约定俗成的。
面对着蚱蜢首领霸王的欺压，菲力克鼓足勇气挺身而出，用自己的话和行动证明了小蚂蚁也可以做大事情，蚂蚁王国团结在一起，勇敢的反抗，数量比它们少太多的蚱蜢，根本不是对手，只能仓皇而逃。
霸王不甘心失败，抓住了菲力克，却被小蚂蚁引入了鸟巢，最终成为了雏鸟的腹中美餐。
电影的情节并不复杂，而且很好的继承了皮克斯工作室的风格，让人感到乐趣的同时，还会带来些值得思考的东西。
这是皮克斯的一贯风格，极为切合迪士尼的传统，而在观众看剧情的时候，保罗更多的是注意动画的技术。