不光是在甲板上，在轮机舱，德拉尼海军少校也创造了奇迹，在他的带领下，一等武器技术士官查尔斯.史兰史密斯和一号锅炉舱的士兵们冒着令人窒息的炙热、呛人的烟雾以及锅炉随时可能爆炸的危险，排除了故障恢复了锅炉正常工作。
在烟囱被炸弹击中一小时又十分钟之后，约克城号降下了故障旗，升起了“我舰航速5节”的信号旗，这让护航在它周围的每一艘军舰上都爆发了兴奋的欢呼声和口哨声。随后蒸汽压力不断上升，随着抢修工作继续深入，约克城号的航速也飞快的恢复，到了下午两点半，她奇迹般地恢复到了19节的航速！
与此同时，弗莱彻比南云忠一果断得多，没有婆婆妈妈的在约克城号上抹眼泪，而是立刻转移到阿斯托利亚号巡洋舰上继续指挥战斗。这项决定十分明智也非常务实，体现出了美国式的高效率。
当时（13时13分），弗莱彻的参谋人员开始从约克城号右舷顺着绳梯下降，就在弗莱彻刚迈出一条腿时，他忽然停了下来对水手长说：“干，我.他.妈有点老了，最好用绳子把我吊下去。”于是两名水兵把他像条大鱼似的拴在绳子上慢慢放了下去。
11分钟后，弗莱彻一行登上了阿斯托利亚号，救生艇接着返回约克城接剩下的人，就在最后一个参谋刚攀上巡洋舰的绳梯时，两架sbd几乎挨着船舷迫降下来。这是攻击苍龙号后燃油耗尽的莱斯利和霍姆伯格，他们俩以及他们的机枪手敏捷熟练地跳上了救生艇然后顺着绳梯爬了上去，就仿佛阿斯托利亚号是专门等着来迎接他们一样。
也就在这时，之前出击的美国飞行员才陆续的开始降落，因为约克城号受创严重，不得不暂停接受飞机。原本约克城号的飞行员转而降落在大黄蜂号上。
说起来大黄蜂在这一天连连走背运，算得上是凄凄惨惨戚戚。其鱼雷机损失殆尽，俯冲轰炸机又没找到敌舰，战斗机也因为燃油耗尽而不得不在海面上迫降。不过这对约克城号的飞行员来说却是好消息，这意味大黄蜂号上有空余的“停车位”开了。
不过这些蜂拥而来的“难民”却给大黄蜂号带去了不少麻烦，比如一架野猫在降落时，因为飞行员忘记关上了机枪保险，巨大冲击触发了机枪，子弹击中了大黄蜂的舰桥，当场打死五人打伤二十余人。其中就包括当时大西洋舰队司令的儿子罗亚尔.英格索尔。
这个消息沉重地打击了英格索尔海军上将，让这位体格虽然不魁梧但很伟大的汉子痛不欲生。因为正是上将让小英格索尔在珍珠港事件之后去海上工作的，他的原话是：“真正的海军军官不应该想着留在陆地上，应该去海上供职！”
当约克城号被重创的消息传到企业号上时，斯普鲁恩斯和参谋们也正在讨论这一波日机袭击的代表意义，并商讨对策。当时老鳖布朗宁分析道：“袭击我们的应该是麦克拉斯基报告中说的那艘未受创的日本航空母舰。我们必须立刻断然出击将其击沉！”
性情急躁的布朗宁认为当前没有什么要讨论的，先下手为强，干死敌人再说。只不过此时斯普鲁恩斯那个磨磨唧唧的毛病又上来了，他觉得现在值得信奈的情报还太少，不能仓促下结论。
“现在我们的攻击机编队没有做好起飞准备，而且我们首先要搞清楚敌人的具体位置，先进行侦察是比较妥当的！”
那么此时日本人那边是个什么状况呢？山口多闻以长良号为先导，飞龙号则躲在战列舰、巡洋舰和驱逐舰组成了保卫圈内。在13点20分之前，飞龙号及其护航舰只一路向北航行，再此期间山口拼凑出了第二波攻击约克城的攻击波，然后立刻改变航向朝东北航行。
在飞龙号舰桥上，山口多闻给第二波攻击机友永、桥本和森茂海军大尉做最后的指示：“不要攻击那艘被小林机群击中起火的航空母舰了，去攻击其他的航空母舰！”紧接着山口依次为飞行员送行并说：“望勇敢战斗！”
临起飞之前，飞行长命令传令兵亮出一块表明美国舰队最新位置的小黑板。桥本将这个位置标在了自己的地图上，他突然想起不确定友永是否了解这个情况，刚准备通知对方时却被起飞时的忙碌所打断了。
据桥本回忆，参加攻击的飞行员都知道此去恐怕是十死无生。不过这帮军国主义恶魔爬进机舱时却个个面带笑容（跟如今人.肉.炸弹和恐怖分子一个德行）。唯一让桥本感到心酸的是，这一次出击和早上空袭中途岛时相比简直是寒酸之极。
十架鱼雷机分为两组，分别由友永和桥本率领，而森茂则率领六架零战，其中四架是原飞龙号的，两架来自起火燃烧的加贺号。值得一提的是友永舰攻上被打漏的油箱都没来得及修补，这怎么看都像是有去无回的死亡之旅。
其实当时没打算让友永出击，但是他坚持一定要去，而且还断然拒绝了和其他人交换战机的建议。一名飞行员后来回忆道：“友永君性情孤僻，从不向人吐露心声。当时他恐怕深深感到自责，如果不是他建议再次袭击中途岛恐怕就不会有后面的灾难了。友永君认为自己需要为此负责，他当时告诉我‘决心击沉一艘敌舰，即使去撞也要把它撞沉！’”
不过这很有可能是日本飞行员基于所谓武士道精神的臆想，因为同时出击的桥本不觉得友永有这种想法。他认为友永之所以要去，原因很简单，一个是现在飞龙号上能用的战机少得可怜，多一架攻击机总比少一架强。至于油箱的问题，桥本认为攻击距离其实不长，应该只有100海里左右，以九七舰攻的能力完全可以飞回来。那时桥本就要把自己的飞机让给友永，但是他谢绝道：“敌人很近，我攻击之后是可以返航的。”
当时山口多闻的命令是攻击除约克城之外的另外两艘美国航母，但是友永出击的时候却直接奔着约克城去了，原因很简单，他并没有看到那块小黑板，并不知道美国舰队的最新位置。
而在飞行途中，桥本也意识到了这个问题，他发现友永“正朝敌舰原来的位置飞去”，他想靠近友永告诉他最新的情况，但是没有做到。
接下来的战斗和上午差不多，约克城号起飞了一批野猫进行拦截，又是一场海空大战，结果是野猫又没有完全拦截住攻击集群，包括桥本在内的不少日本飞行员都投下了鱼雷。
而此时约克城号的速度只有19节，它蹒跚的躲过了两枚鱼雷，但是依然有两枚击中了其船体中部。一枚击中左舷中部，第二枚略微靠前。左舷燃油舱被炸毁，三个锅炉舱和前发电机舱进水，造成停电。紧接着操纵台又发生故障，备用发电机的电力又送不出来。再接着舵轮又故障了，导致约克城号当天第二次动弹不得，而且向左舷倾斜了17度。更糟糕的是倾斜还在继续加大，在第一枚鱼雷命中后大约只过了十分钟，约克城号就已经倾斜了26度，以至于连人都站不稳了，得亏是海面风平浪静，否则约克城当时就药丸！
鉴于停电以及倾斜太大，奥尔德里奇和德拉尼都认为，约克城完了，赶紧弃船救人才是正经。很快巴克马斯特舰长就同意了这一请求，在三点差五分，他下令升起蓝白色信号旗——弃舰！