随着西安府白马会众的灭亡，整个陕西迅速被讨虏平定。陈玉成一边向圣京的冯云山报捷，一边马不停蹄地组织兵力，准备进军甘肃和阿拉善厄鲁特旗地区。
不过，自从进入陕西以来，陈玉成越发感觉到步兵的局限。西北地区与南方和中原一带不一样，只要一离开富饶的关中平原，便会地广人稀起来。
陈玉成一打听，说是有时候几十里都碰不到一个镇子，遇不到一个人烟，他便知道，在用以前的步兵模式，已经是行不通了，再往西北，必须组建一支大规模的骑兵才行。
幸好，陈玉成早有准备，一路上，他们甲三师和乙三师以及河南新军军团一直搜集马匹，加上击败了白马会匪，这些白马会匪拥有不少的牛马，均被讨虏军缴获，此时已统计，竟然发现可以用于赶路的战马便有一万余匹，而可以拉炮和运输粮食补给的牛马更是多达二三万匹。
陈玉成打算利用这段时间，进军甘肃的路上，用来训练将士们骑术，就算不能训练出一批骑兵，至少也是一批能骑马赶路的马上步兵也行。
甘肃原本是满清驻守西北的重地，驻扎的绿营兵本是内陆省份中兵员最多的省份。但自从满清朝廷被推翻以来，整个甘肃便乱了套，逃的逃，躲得躲，如今的甘肃清兵已经不多，而且还大部分被甘肃的白马会众给赶跑了。整个甘肃，已经是一片混乱。
不过，即便是这样，就整个甘肃来说，满清的主要兵力都固守兰州府，原本的宁夏镇、西宁镇、凉州镇和肃州镇这甘肃四镇兵力，共三万余人，如今已经四散逃窜，只余下万余人，一部分逃入兰州城内紧守，另一部分还滞留在西宁城内，其余的个甘南的各州府兵力，连同少量的八旗兵，被从西安逃来的西安将军扎拉芬沿途召集，赶至宁夏城中，不过，一进入宁夏城，便被金积堡的白马战兵全部围困起来，苦苦支撑着。
其他州府，已经没有大规模的兵力了。
而白马会匪，主要集中在二处地方。一是平凉府，有两股白马会众势力。
固原州的白纳三，手下有李得舱、田成集等大将，白马战兵五六万。而平凉府城郊外的马穆三，人称穆三爷，乃是白马会中的长老级人物，他以莲花城、张家川为基地发动起义，组成“白马南八营”，他的部众戴白帽，打绿旗，旗上书“抗清扶明”口号，并用明代崇祯年号纪年，发布命令不准滥杀无辜地方乡民，在平凉州一带名声不错，但却遭白马会中的主力宁夏府城一带的白马战兵所排挤。
而要说另一股势力，最为强大，却是宁夏府灵州县一带以金积堡为中心的马花龍势力，他字称白马会会长，手下汇集了宁夏府和庆阳府一带的白马会精壮战兵十余万。因此，尽管这些白马会反清势力尚未统一，却又暗暗勾连，互为倚靠。金积堡的马花龍，隐隐有整个甘肃白马会大首领的架势。
理顺了甘肃的形势，陈玉成和林启荣一商议，便决定立即出兵。
两人各率自己的军队，再各自加上一万新兵，直奔平凉府。而西边的甲四师和甲六师，在梁立泰和罗琼树的率领下，连同三万新兵，经过巩昌府，直奔兰州城。其余的一万新兵，便散开，巩固西安府和秦州府一带的治安驻防，防止零星白马会众死灰复燃。
兵分两路，时间不等人，陈玉成他们是想着一举将甘肃平定。
半个月后，当甲三师和乙三师以及二万新兵气势如虹地一路攻克州县，行军到平凉府城境内时，平凉府城一带的白马会首马穆三派人求见，表示不愿与讨虏军为敌，只要求平凉城归他们所有，他们自治，他们保证不出平凉县境损害讨虏军和百姓。