又过了两天，杜武秀领着手下一千余人，骑马赶至昆明城外，当面归降冯云山。
冯云山大喜，派李开芳和王闿运出城至城西几里外的眠山，代表自己迎接。他则在昆明城内的云贵总督府殿前等待对方前来拜见。并不是他拿架子，而是在这位置了，没办法，要是太热情凑上前去，反而会让手下看轻了。
另一方面，义军的这帮首领进城之前都会被检查，不得携带武器，才能进城。冯云山出城，安全方面也有很大风险。
扎着白头巾，一个书生模样的后生，率领着上百人，在上千讨虏军将士的注目礼下，来到了总督府。正是大理义军首领、自封元帅的杜武秀。
看着这名后生，冯云山起身迎接：“杜兄弟深明大义，归顺圣国，避免了战争，本王代表众多的圣国将士感谢你啊！欢迎你和兄弟们的加入！”
“武秀拜见圣王殿下！”杜武秀上前便是一拜到地，身后的百余将领也一同跟着拜倒，纷纷高呼：“我等拜见圣王殿下。愿追随杜元帅归顺圣国，还望圣王恩准！”
“好，好！本王准了！”冯云山哈哈一笑，上前亲手扶起杜武秀：“兄弟们放心，圣国就像个大家庭，在这里，各族百姓都是平等的。以后大家共同安享世间的安宁和平。”
接着冯云山封杜武秀为芸南医教局局长，负责芸南的医疗和教育之事。
其余的各路义军首领，大部分都愿意带领一部分能战的手下加入讨虏军中，冯云山便将之打散，几路大的首领任命为团长。
一共成立16个团，其中2个炮兵团和2个工兵团，，新成立野战军乙十一师和乙十二师。又从甲二师和甲六师中分别抽调2个步兵团，补入新成立的乙十一师和乙十二师中作为主力，甲二师和甲六师缺员部分，由义军中的4个步兵团补充。
这样，一下子便多出了2万兵力野战军，虽然武器还都是刀矛和鸟铳等，但毕竟齐全了。加上昆明城内投降的二万清军中又挑选了一万精兵，由李开芳在昆明城外呈贡县训练，组建乙十三师，这样一来，冯云山此次来芸南，便为讨虏军增加了三个乙等师，共三万兵力。
这三个乙等师都装备上清军的武器，一时间，倒也像模像样，杀气腾腾。
这还不算，滇西10万义军，除挑选2万充入乙等师野战军外，还有二万精壮，冯云山又让李开芳派人将其统帅，组建四个旅，成为芸南军区的地方驻防部队。
而原来的乙十七旅，则成为芸南军区第一旅，番号为中华讨虏军第601旅。由于芸南为太平圣国占领的第六个省，另外的四个旅，分别为中华讨虏军第602旅至605旅。
处理完这些事情后，冯云山让新任命的芸南省特使桑春荣等，将杜武秀等人安顿好。
这时，甲六师师部传令连的两名传令兵骑快马赶来禀报，说是甲六师的五个团在师长罗琼树的率领下，已经攻克了楚雄府城。
因为罗琼树提前派人将楚雄城北包围的关系，芸南提督文祥没等讨虏军攻城，便从城南夺门而出，经顺宁府逃往腾越厅，准备与腾越镇清军会合，商量出路。
原来，腾越镇总兵常存和芸南提督文祥一样，都是满洲正红旗人，芸南提督文祥见自己率领的兵少，又缺少马匹，难以逃回四汌，于是，便反其道而行之，领三千清军往南逃走。