屯田促进了西域的农业开发，推动了民治机构的建立。西域东西七千余里，南北六千余里，周两万余里，大顺统一西域之后，户政府就提出移民开发的计划。
户政府方面主张迁移“甘肃等处无业贫民前赴营生耕作”，认为这样既有利于开发西域，又可以缓和内地人口矛盾，可以一举两利。
李来亨多次指示西北经略使周祚鼎和安西大都督李懋亨招募甘肃百姓到西域种地。
世祖朝中期，甘肃省连年受旱灾之苦，李来亨不能不考虑解决西北龙兴之地的穷困问题。
他注意到“边陲生计艰难，尤当急为筹画以裕久长”，使甘肃灾区人民改善困境。李来亨认为，西域统一以后，大兴屯田已成乐土，“商民辐辏，风景不殊内地”，但没有出现内地百姓踊跃前往的局面，是因为他们缺乏对西域开发情况的具体了解，所以裹足不前。
他要求地方官员设法劝导甘肃百姓商户出嘉峪关种地，“将来关外生聚滋蕃，兼可酌添郡县，而此等待食之民向外多移一人，即少耗内地一日之粟，可使盖藏渐裕，化瘠为腴”。半年后，甘肃又遇大旱，到处都是流民，朝廷拨银二百万元、粮二十万石赈济灾民，并指示长安方面，令其设法劝谕流民赴西域种地，“使共知边外谋生之实利，自必熙攘趋赴，不特目前之嗷嗷者，不至漂泊无依；即将来或遇欠收，而瘠土贫民，亦可免坐守困乏，实为筹备边氓生计之长策”。
甘肃百姓商户不断进入西域，为加强对他们的管理，朝廷又逐渐设立起民治机构，在巴里坤设镇西府，乌鲁木齐设迪化州，其他地方分别设阜康、昌吉、绥来、宜禾、奇台等县。这些州县机构都设在北疆，是屯田制的进一步发展。
尽管李来亨把西域屯田视为造福于子孙后代之举，但此举并非是朝廷全体成员的共识，朝野内外分歧较大。
在平定准噶尔后的第三年进行廷试时，新科进士的条奏中有人就说“古之屯田为劳民”的不同看法，变相地指责伊犁屯田与西汉轮台屯田同样劳民伤财。
李来亨抓住这个机会宣传西域屯田的深远用意，他说，现在伊犁屯田，完全是依靠回部土著种地，回部本以种地为业，准噶尔部控制西域时就是如此。伊犁地区原有大面积耕地，朝廷统一西域后，令回人照旧种地，“不过是还其所固有，而都督等循行劝垦，亦惟用其人以垦其地。曾有一内地百姓抑之负耒而往者乎”。
针对遣犯种地一事解释说，这些罪犯都是恶贯满盈、本该处死之人，现在让他们前往西域种地，“以减死之人而予以谋生之路，伊等即不得谓之民，又安得谓之劳也”。他特别强调西域屯田，不单单为守土军队解决粮食问题，“国家生齿繁庶，滋生民数，岁不下亿万，而提封止有此数，余利颇艰。沿边内地民人前往种植，成家室而长子孙，其利甚溥。设从而禁之，是厉民矣。今乌鲁木齐、辟展各处，知屯政方兴，客民已源源前往贸易，茆檐土锉，各成聚落。将来阡陌日增，树艺日广，则甘肃等处无业贫民前赴营生耕作，汙莱辟而就食多，于国家牧民本图，大有裨益”。
他最后表示：“今办理屯种，亦只因地制宜之举。而无识者又疑劳民，朕实不解，且付之不必解，而天下后世自有公论耳。”
李来亨本来就善于言辞，又是无人敢于直接反驳的九五至尊，在廷试上将新科进士们说得哑口无言，事后又嘱咐吏政府，将那些反对西域屯田政策的士人打入另册，全部送去进士馆多读个五六年书再说。