由于人员的大幅度调整，独立师以及警备司令的主官任免随之进行，最后形成军事委员会第二号令：
最高领导机关为军事委员会，委员长康宁；副委员长陈朴；委员为关仲明、梁山、甘少铭，增补石镇、刘海澜、涂文胜为军事委员会委员。
军事委员会参谋部：参谋总长陈朴。
军事委员会政治部：部长涂文胜。
军事委员会装备部：部长甘少铭。
军事委员会后勤部：部长周继先。
军事委员会直属警卫团：团长瞿彪；副团长魏阳；参谋长邓文华。
军事委员会直属调查局：局长张敏；副局长陶质；政委梁劲松。
一、军事委员会政治部增设监察局和战略局；装备部与后勤部也成立相应的下属机构；参谋部下设四局三处，分别是：
第一局：政治保卫局，局长赵平。
第二局：军事情报局，局长贾飞宇。
第三局：技术侦察局，局长刘长河。
第四局：特别行动局，局长任建平。
老挝情报处：处长冷锋。
泰国情报处：处长唐嘉平。
缅甸情报处：处长卢晓楠。
二、直属独立师官兵人数为七千人，下设三个团、一个师属教导大队和一个特种大队。师长关仲明；政委梁山，副师长顾耀祖、许望，参谋长孙昌杰。
第一团：团长韩越，政委刘云深，副团长翁边，参谋长宋健。
第二团：团长王幼林，政委周卫东，副团长陈汉华，参谋长丁璞。
第三团：团长范渝，政委廖士杰，副团长诺明，参谋长周挺。
师属教导大队：大队长蒋家祥，政委朱全乐，副大队长吴虎，参谋长林志芳。
师属特种大队：大队长路小军，政委曹春来，副大队长黄镇湘，参谋长唐云龙。
三、直属警备司令部官兵人数为两千人，司令员石镇，政委盘洛，副司令员张思杭，参谋长任海青。下设保卫局、情报局、行动局、监察局和缉毒缉私局，每县设置一个二百人的警备大队，警备大队之下设置与司令部相对应的各科室。
至此，康宁集团的第二次军政调整结束，将在二〇〇二年元月一日起正式任命和实施。