巴拿马运河系统共有12个船闸。
从太平洋入口处到运河，第一组船闸被称为米拉弗洛雷斯船闸，这是一个两级船闸，能使船只提升或降低16.45米。
然后是佩德罗.米格尔船闸，这是一个一级船闸，能将船只提升或降低9.4米。过了佩德罗.米格尔船闸，通过库莱布拉水道就来到了加通湖。
最后一道船闸就是加通船闸，它是一个三级船闸，能将船只提升或降低25.9米，并通向大西洋。
所有三组船闸都是成对的，从而至少在原则上确保船舶能以相反的方向通过。
可能有人会疑惑为什么弄这么的船闸搞的这么麻烦，直接把巴拿马运河挖通，建成像苏伊士运河那样的平面式水道岂不更方便？
有一种说法是巴拿马运河中间有淡水湖泊，万一打通了湖水换成了海水会破坏当地的生态环境。
很明显这种说法是无稽之谈，人类破坏的环境还少？还会在乎这一块？
最大的问题便是成本。当时挖运河的时间是1880年-1914年，花了34年的时间挖了1.3亿立方米的土，消耗了几千万公斤的炸药，开河过程中有六、七万民工因条件恶劣而死亡。
如果真要挖平，就得再挖走近10亿立方米的泥土，就算用上1962年德国克虏伯公司的Bagger 260巨型挖掘机每天挖11万立方米的泥土也要挖上25年。而且是没有任何意外，任何的机械故障，昼夜不停的挖，才能挖通。如此庞大的工程，就算是财大气粗的美国也得犯怵。
此时正在值班室里打盹的米勒少校被一阵刺耳的电话铃吵醒，他揉了揉惺忪的双眼，看了眼时间是凌晨三点。“什么事啊？”嘀咕了一句，刚拿起电话，电话那头传来焦急的声音。“米勒少校，不好了，有艘船在米拉弗洛雷斯船闸里起火了！”
“什么？！”米勒少校顿时睡意全无。“起火了？是什么船？怎么会起火？！”
“是驶往纽约港的‘旧金山’号，装载的是椰子油。”
“椰子油？”米勒少校不解的皱了皱眉头。“椰子油会燃烧吗？”
对方也不太肯定道。“我也不清楚，都是油，应该会燃烧吧？”
不管怎么说米勒少校急忙给运河总督（同时也是美国将军）打去电话。睡梦中被吵醒的总督没好气道。“大半夜的什么事啊？”一听船闸里有艘船着火了，当场就毛了！“赶紧救火啊！我现在就过去！”
米勒少校开着车一路横冲直撞的来到佩德罗.米格尔船闸，果然看到那艘货轮里正冒出滚滚浓烟。“船上的人呢？怎么还不把船开出去？！”
一个中尉跑过来报告道。“报告，我看到他们弃船逃走了！”