关于熊廷弼和王化贞的处理问题，三法司会审后，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上的结论是二人皆斩。原来的历史上熊廷弼斩于天启五年，王化贞死于崇祯五年。
当然，这结论只是初步地认为二人失地该杀，并不是要斩立决，而是要看皇帝想什么时候杀他们俩人，这就让各位大臣有了操作的空间。
朝中大臣开始了分党派地营救活动。东林党人多势众，从内阁次辅叶向高，阁员韩爌，孙承宗开始，到下面的刑部尚书王纪，礼部尚书孙慎行等等，再到御史邹元标，左光斗等等，大家一起认为王化贞不该死，熊廷弼才该死。
他们的理由是，王化贞失广宁，是因为王化贞不知兵，能力不足，所以失败。却没有提到能力不足的王化贞是如何被他们推上巡抚之位的。
而熊廷弼是有能力但却不去救广宁，所以这不是能力问题了，是态度问题，所以应该要斩。
而以方从哲为首的浙楚齐三党中人则以为，熊廷弼虽名为经略，但手中仅能指挥五千兵士，十多万兵都由王化贞这个巡抚掌握，你让熊廷弼如何敢用五千兵去干王化贞十几万人都完不成的任务？同时他们还把本兵张鹤鸣也牵扯了进来，认为正是因为本兵偏袒王化贞，才会造成经抚不和，最后失去广宁的。
这时三党的大佬都还在朝中，大家斗志昂扬，比起原本的历史完全不同，所以两方倒是斗得个旗鼓相当。
朱由校把三法司的判决发给大臣们讨论后，朝堂上每天都是你方唱罢我登场，你摆你的理，我划我的道，吵得不可开交，把个皇帝是看得喜笑颜开。朱由校觉得这才象个朝堂的样子，两方势力均等才好，一方占了绝对的优势，那个自己这个皇帝也会被群臣无视了。而现在这样，最后说话算数的就只能是自己了。
就这样吵了两天以后，到了大朝会的时间。这天早上，朱由校等群臣参拜以后说道：“朕这几天在想一个问题，朝中有诸多大臣，年龄较大，朕想年龄较大的可否不用大礼参拜呢？”
群臣都懵了，今天不是要讨论熊王的事吗，你特么的把这事扯出来是几个意思？不过懵只是一会儿的事，然后就是群起而反对，特别是几个年龄大的，官职高的象方从哲，叶向高等人，反对的尤其厉害。
方从哲先上前道：“陛下，礼不可废，左传有云，中国有礼仪之大谓之夏，我华夏不是夷犾，请陛下再勿出此言。”众人皆同声附和。
朱由校不由腹诽，孔颖达还不是圣人呢，他的话你们就这么听呀，好心让你们不跪拜，你们不干，那我也没办法，这个还是慢慢来吧。
于是笑道：“朕只是怜惜诸位老臣，既然大家都反对，那就作罢。只是朕想，如果在朝中设立座位，那大家不用站着，会不会好一些呢？”