就在萧轩率领的志愿师和革命军各旅在崇祯二年至崇祯三年的整个冬季加紧备战，准备在开春后同南方明军展开决战的时候，天山南北之间的决战也在展开了。
黑还勃列堪比崇祯二年入关的阵容，大致超过一半主力部队最初展开西征的时候，还是十分小心谨慎的。毕竟从北山黑水跨越整个蒙古草原抵达临近河中卫拉特蒙古一带远达万里之遥，仅仅是远征行军就需要花费半年左右的时间了。十分重视情报线的后金上层也十分清楚。临近河中的叶尔羌诸部乃至卫拉特诸部总的军事潜力绝对不溶小视，各路人马林林总总加在一起足有十万之众，而且骑兵化和装备水平似乎都并不算很差。这相对于包括不少蒙古人和仆从在内总共也不过三万人左右，核心满洲披甲不过万余人的建州主力，似乎仍然不宜树敌太多。
在展开西征之前，黑还勃列就已经定下了策略：占据中原进军河中要道的吐鲁番乃至逃到青海的林丹汗等人的势力是自己不可能讨好的。正所谓远交近攻，拉拢准葛尔等人的势力，重点打击吐鲁番部和卫拉特东面巴图尔的力量。如果有必要，甚至可以通过联姻的手段如对察哈尔蒙古那样消化之。
崇祯二年秋天，跨越几千里荒漠，面对不曾预料过的困难兵疲马乏的建州主力先锋一个旗的兵力遭遇早有准备的吐鲁番部两多人马的围攻。然而交战的结果却是，那些看似装备精良的吐鲁番人只给建州主力先锋造成了不过一二百的伤亡，战死还不到百人，在后金军队面临严重被动局面的一场决战竟然以吐鲁番人的完败而告终。因为吐鲁番人的骑兵机动力也不如满军精骑，在反扑和追杀中伤亡损失多达近万人，彻底元气大伤。这在很的程度上还是因为河西走廊上的漫长行军让缺乏西北作战经验的建州主力损失了不少马匹，追杀能力大大下降的结果。
以吐鲁番人的底子，如果仅仅在最初交战中伤亡损失不过小几千人，那或许有可能是为了诱敌深入而已做出的某种牺牲。可是一次就损兵近万人，其中还有不少火炮和铠甲，这毫无疑问就是真败而不是佯装失败了。
“这吐鲁番人的战斗力相比当年萨尔浒之战乃至天启年间的明军如何？”在确定了这不是什么阴谋诡计之后，长途跋涉之后的不安，也为鼓舞士气，黑还勃列对随军出征的众将在一次军议上笑着问道。
就连之前一路上早有不满的莽古尔泰等人也笑道：“恐怕，还不如当年萨尔浒之战时我们遇到的那些对手。同明军交锋，多少还是要更为头疼一些的。明军大多少官兵虽然战斗力和训练很差，但也很有自知之明。往往用数不清的火炮和车辆来与我军对峙。如果不是当时的明将太蠢，我军又占有主场之便，就绝不可能以不过几百人的伤亡代价击败数万明军主力。可是这些吐鲁番人，如果论官兵们的训练和装备，那确实比寻常明军好一些。可是他们太没有自知之明了，竟然在自身没两把刷子的情况下同我军比骑射还有正面肉搏，而且骑射还不如蒙古人，火器火炮还没有多少，焉有不败之理？”
吐鲁番一带的遭遇战和大胜，彻底改变了经过漫长的远征之后后金主力当中有些低落的士气，尤其是这一带不像草原上的蒙古人，不仅有着不少水源和农田，更有着蒙古人哪里根本不曾见过的很多姿色出众的平民女子的情况下。因为吐鲁番人主动的挑衅和抵抗，建州主力在这里也就再也没有什么顾虑的展开了屠杀。
黑还勃列等人也改变了之前的想法和态度：见到叶尔羌军队比辽东那些集中起来的明军主力似乎还更好打，民间的抵抗更薄弱，而且还不似蒙古人那样经常流动，就下定了决心：叶尔羌人从种族到信仰似乎同建州差距太大，不论是吐鲁番人还是西面的南疆各地的叶尔羌人恐怕很难有效的消化。更别说，用这些异种人统治中原，谁也不知道会比会更为激烈的抵抗和不合作。因此：既然这些人不能打，还不能跑，那就应当以消灭为主了。
此时的蒙古人虽然也不是建州主力的对手，但似乎至少还比较能跑、为了尽早的鼎定这里，黑还勃列还是派出了使者前往卫拉特各部，以共同讨伐南疆为利益筹码，换取卫拉特诸部与建州如同察哈尔人那样建立广泛的联姻。
然而，黑还勃列还是小瞧了在不久前刚刚赶走土尔扈特部的巴图尔。此时巴图尔也自称“浑台吉”整个准葛尔部也渐渐崛起起来。面对跨过河西走廊并在吐鲁番一带大开杀戒的后金异己势力，巴图尔浑台吉当然不甘心听命于这个外来户搞什么共同联军出兵中原。因为那毫无疑问要受制于人。
同时，很少同东面的后金打教导的巴图尔并不相信兵力并不算庞大，还是异地作战的建州人能有多么强大，因此最终还是决定联合整个卫拉特蒙古一统抵抗建州的入侵，并拒绝了黑还勃列的要求。当然，处于建州军在吐鲁番乃至叶尔羌一带接连展开行动中的强大战斗力，内部对于是否要同建州合作也有不同的声音。当巴图尔解决这些内部分歧之后，建州军主力精锐也摧枯拉朽一般的仅仅在一个秋天之内就扫平了整个南疆。寒冬刚过，就从多个方向上对卫拉特蒙古展开了攻势，力求压服卫拉特蒙古人。
就这样，在此时卫拉特的会宗之地伊犁城下，满洲人与准葛尔人之间的决战提前了很多年展开了。这场决战没有发生在满洲入关之后，而是在西向的战略之下在两个势力一个处于早期，一个正当壮年的时候就爆发了。准葛尔人虽然开始对建州军的强大有所了解，却也相信并非防守中也不能相抗。