故事介绍在与袭击人类的异次元体“NOVA”的战斗中失去了姐姐的少年青井和哉，被转入了对异次元体NOVA的作战专门学校「杰尼提克斯学院」。那里是为了将来与NOVA战斗、少年少女们学习战斗技巧的地方。在转学当天遇到背影神似姐姐的校园女王莎缇莱萨的瞬间，和哉的人生就此发生转变充满爱情和热血的SF斗剧，在这里绚烂开幕！！
相关名词潘多拉：能够跟所有现代武器都无法破坏的NOVA进行战斗的女性。通过圣痕移植，获得常人所无法比拟的*能力，同时拥有让人惊异的自愈能力。女性如果不具备一定数值以上的圣痕适植率就无法成为潘多拉。
制御者：能够使用跟NOVA一样的「冰结领域」能力的男性。战场上作为潘多拉们的搭档，中和NOVA所释放的冰结领域，确保潘多拉们能够自由移动的空间。要成为制御者就必须接受已经在潘多拉体内生长成熟的一个或一个以上数量的圣痕。比起成为潘多拉，男性成为制御者的适合率是最高的。
杰尼提克斯学院：对异次元体NOVA专门组织。育成潘多拉以及制御者的军官学校。在全世界范围内存在。
同调生体着装：潘多拉运用圣痕的力量在全身分布的特殊形态的分子。拥有强力防御力的同时能够具现化各种各样的服装。由于长时间使用该着装会对肉体产生负担，因此仅被允许在战斗时使用。但是对于那些运用熟练的潘多拉来说，该着装不仅被用在战斗过程中，连平时穿的制服也经常会以该着装的方式来具现化。
同调生体武装（星尘武器）：潘多拉使用圣痕的力量产生出的武器。武器形态因人而异。
Ereinbar：在大脑中，位于比神经元更为深处的地方控制着人类五感的未知器官。
EreinbarSet：指的是潘多拉与制御者共享5感的行为。在战斗中，通过发动EreinbarSet，制御者方可使用冰结领域的能力。
冰结领域：NOVA所使用的能够让这个世界上所有物理性运动都停止的领域能力。在杰尼提克斯学院所掌握的圣痕技术下，男性的制御者也能够使用该能力，从而中和NOVA所释放的冰结领域。但是，由于NOVA的力量非常强大，想要靠制御者来停止NOVA的行动终究是件不可能的事。
NOVA：袭击人类的谜之敌人。唯一被认知的就是拥有使当今存在的所有现代武器全部无效的力量这件事，其他一切信息都不详。
第8次NOVA冲击：四年前，异次元体NOVA所发动的第8次真正意义上的侵略。TYPE-S于日本出现，和哉的姐姐和叶用自己的牺牲换来了对这场侵略的胜利。
嘉年华：以学级为单位，各年级间所展开的被认定为实战性质的战斗。因为是决定年级排名的潘多拉间的战斗，所以不允许制御者参与。
潘多拉模式：当潘多拉的圣痕活化程度过高的时候，为了抑制Overflow（圣痕力量过载/暴走）的发生而开发的制御系统。该模式发动后，潘多拉的能力会获得提升，而且在模式限定时间内无需制御者也可以在冰结领域内活动。比起NovaForm（NOVA形态）来说虽然性能方面处于劣势，但是由于该模式可以抑制潘多拉的暴走，所以潘多拉们的安全得到了保障。通常来说这是在潘多拉升入3年级以后才会分配的系统，但出于实验的目的对于一部分的2年级潘多拉也分配了该系统。既然是实验目的，2年级发动该模式前必须先获得使用许可。
高级技巧：以第8次NOVA冲击期间青井和叶所创造出的技巧为原型，开发而成的圣痕战斗技巧。由于1，2年级潘多拉肉体内的圣痕成熟度较低，使用的话会对肉体造成负担因此被禁止使用。以提高速度为目的的「加速模式」，以增加攻击次数为目的的「分身模式」等等。加速模式：：高级技巧当中具有代表意义的一种技巧。是一种提高移动速度的技巧。将圣痕对肉体的负担提高至极限然后一口气使之爆发获得加速的技巧。使用该技巧后，移动速度上会出现飞跃性提升，但是较难转换方向是该技巧的缺点。1，双重加速：加速模式的进化形态。在加速状态下再次对自身进行加速，在进行该第2次加速的同时转换行进方向。速度方面比起通常的加速模式，可以提高1.5到2倍。，2，三重加速：双重加速的强化版本。加速到第三次的同时可以转换行进方向。速度达到普通加速模式的3倍以上。3，四重加速：加速系技能最终形态。加速到第4次后可以进行方向转换。现阶段不存在能使用比这更高速加速技能的潘多拉。4，无间隔双重加速：与一般的在普通加速状态下再次进行加速从而提高速度的双重加速不同，是一开始就不需要加速间隔时间的双重加速。比起普通的双重加速在速度方面更快。此外，阿妮特自己将该技巧命名为「初使双重加速」。分身模式：高级技巧的代表性技巧之一。将圣痕的同调生体着装的特殊分子材质加以应用，从物理上制造出自己分身用以增加攻击次数的技术。但是使用该技巧马上就会引起Overflow（圣痕力量过载/暴走）反应，分身的个数以及维持时间有着一定限制。幻影模式：西冯·菲阿查尔德所使用的高级技巧。是“不可能被视觉捕捉，也不可能被对手感知到自己气息”的技巧。到底是时间停止类技巧还是空间移动类技巧呢，现阶段对该技巧的作用原理不明。EL·集团：对世界各国财经界自不用说，对杰尼提克斯都拥有巨大影响力的大型全球性企业。无论在表世界还是在里世界都拥有绝对的力量。集团总帅是莎特拉的父亲霍华德·EL·布丽姬。圣痕：杰尼提克斯学院在研究NOVA组织的基础上制造出的代表最新技术的芯片。「圣痕难道不是使用NOVA遗传因子的东西吗？」这样的流言虽然存在但是杰尼提克斯学院方面对此讳莫如深。根据被移植者的适植率的高低从而决定圣痕的移植数量，通常为2到4个。数量越多能够获得的能力也就越大。洗礼：象征潘多拉与制御者正式结为搭档的仪式。潘多拉将自己体内成熟了1年以上的圣痕，再移植进制御者的体内之后，仪式就算完成。仪式过后制御者将会获得冰结领域的能力，通过与潘多拉一起发动EreinbarSet，从而能够*控冰结领域的能力。生命之泉·核苷酸机关：位于日本西杰尼提克斯最底层玛利亚·兰斯洛特圣骸沉眠的地方。详细不明。Stigma·Satellite·System：为了让无法使用光线攻击的潘多拉能够实行远距离打击而开发出来的卫星光束炮兵器系统。将卫星传送过来的光束，通过潘多拉所具现出的SSS（Stigma·Satellite·System）反射，转变成对NOVA用光束炮进行攻击。这就要求潘多拉必须具备能够瞬间计算攻击对象的坐标，以及将光束转变成对NOVA用光束的能力，因此能够使用该技巧的潘多拉很少。冰结领域·中和：意指利用自己的冰结领域能力来抵消对方的冰结领域。如果使用者能力高的话，不仅能将对手的领域抵消，进而还能将对方冰结。