原先在香山永乐乡的水营也调至广州，在珠江原清军水师驻地长洲岛设太平军水营，此地即几百年后黄埔军校所在地。
水营兵额暂定为5000人，不过因水营缺少战船，短时间无法承担作战任务，故周士相请凌海将军陈奇策调遣所部水师战船一部移至长洲岛，确保珠江为明军所有。同时为陈奇策这部水师提供粮草供应，并遣人向他们学习水师战法。
已和朱统占有肇庆的陈奇策爽快答应周士相请求，派偏将郑成魁领40余艘战船进驻长洲岛，并送给太平军12艘战船。此举让周士相大喜过望，12艘战船虽然很少，但却意味着水营不再是内河水师，而是能够在珠江上甚至狮子洋上行动的“海军”了。
水营镇将由周士相亲领，他给宋襄公压了任务，让他无论如何也在一年以内建好太平军的造船厂，最迟两年内太平军必须能够有自己造出的战船下水。强大的郑氏水师一直是周士相所眼红，所妒忌的对象，奈何水师太吃银子，也太耗精力和时间，且眼下还不是决定战场的力量，故周士相只能先行发展步军，待取得南方数省或江南全部以后，方再着手进行“海军”组建。
周士相于广州平南王府成立军帅府，设亲兵，选全军身高1米七以上锐兵充任，选800，制铁甲，号铁人卫。铁人卫指挥由瞎子李担任，职同参将衔。
军帅府设军、民两部，军部由赵四海负责，民部由宋襄公负责，同时宋襄公亦兼广东布政使，当然，这个任命没有得到永历朝廷的背书，乃是周士相自行所为。按制，他无法自行任命官员，况一省布政使。再者，钦州有总督衙门，高州又有四府巡抚，无论怎么排，也轮不到周士相把控广东布政使司衙门。
鉴于太平军识字率太低，短时间又不可能组织全军来一次“扫盲”运动，因此在邵九公等人的建议下，周士相于原靖南将军府建兵备讲习所，各镇伍长以上军官要轮批分批入堂教学，学制三月，主学由他仿前世军队操典改编而成的《太平军步军操典》，该操典只涉及初步军队整训、操练、旗号鼓事等。
四镇一旅两营编制定下后，即由军帅府主持调兵成建事。一时间，广州附近到处是兵马调动，往东的往东，往西的往西，闹哄哄，直用了七八天时间才将各部集结到位，上下军官也落实明确。此期间，周士相很少睡觉，瞪着红眼听取各部汇报，唯恐调动期间有降兵作乱。
军队编制落实后，周士相又定军饷。锐兵定军饷月银1银，家眷由太平军公库供养；选兵不定月银，家眷由太平军公库供养；备兵无饷银可领，不过其训练期间武器装备由太平军拨给，训练期间家中农田也由各村公所组织人手帮助耕种，以减轻其家庭负担。
军官饷银伍正2两一月，年24两，队正以上者依次提百分之二十。作战有功者，无论官兵可另获赏赐，或银，或粮，或物，或土地。
各镇成立后，周士相即叫宋襄公大开公库犒赏三军将士，并且主持实际控制区内的土地整并。
广州城中的汉军家眷被分成三批安置，一批拨入前山寨，一批拨入仁厚乡，一批安置在番禺。这些汉军家眷在当地安置后，由当地划拨土地供他们耕种，同太平军老营一样，也是分别设村管治。太平军只提供他们初期生活所需和农具、种子，一切需自食其力，待其男人在军中服役满三年后才可享受太平军家眷的待遇。
4000多满州妇人也被从广州城中赶出安置在香山，由当地乡、村公所为他们择配夫家，同汉军家眷一样自食其力。这些满州妇人在广州时没有得到城内百姓的太平军将士的青睐，送到乡下后却成了抢手货，不到一个月就被当地男子分抢一空。
宋襄公任广东布政使，降官王章钧布政使司右参政，左清为左参政。广州知府由廖瑞祥接任，他的香山知县则给了尚未回来的龙眼乡盐课大使郭绍。从台山回来的徐应元则在军帅府得了个参议位置。
广东布政使司衙门现在只有一件大事办，那就是落实太平军实际控制区域内的乡、村公所组建，将所有的人力和资源都有效整合起来。各驻地的太平军除了抓紧操练外，也有一件事要办，那就是剿匪。