提督是正职，副职是“总兵”（就是副提督），九个州就有九个陆军总兵，四支舰队（水师）就有四个海军总兵，不过，除了提督的副手是总兵外，也有单独的总兵存在，比如专门负责某个要塞、关隘、重镇的将领也可以是总兵，但不常设，这种总兵同样是副提督级别的。
由于刺史和提督是平级的，互相没有指挥对方的权力，毫无疑问，如果某州发生巨变，政务文官和军事武将十分容易发生龃龉矛盾，难以做到一体一心，因此，孔明独创了“总督”。总督跟提督一样，也是在明清时成为官职的，孔明也提前上千年让它出现了。所谓的“总督”，就是总管督使一州的军政两项大权，该州的刺史和提督都要听命于总督。比如，青州爆发了战事，青州刺史和青州提督吵吵嚷嚷，谁也不服谁，到底听谁的？朝廷就会派来“青州总督”，总管督使青州的军政大权。不过，刺史和提督都是常设官职，总督不常设，在需要时才设立。另外，总督不一定只管一个州的地方，也可以管两个州甚至更多的地方，比如“青徐总督”，还可以管一大片处于特殊状态下或者处于特殊时期中的地区，比如“南亚总督”，总管军政。
除了提督、总督外，汉东军保留着“大都督”和“都督”。大都督有三个：汉东陆海军大都督（简称“汉东军大都督”）、汉东陆军大都督、汉东海军大都督；都督也有三个：汉东陆海军都督（简称“汉东军都督”）、汉东陆军都督、汉东海军都督。都督即大都督的副职（“都督”就是“副大都督”）。很显然，汉东陆海军大都督的级别高于汉东陆军大都督、汉东海军大都督，它正是汉东军（汉东陆军和汉东海军）的最高指挥官职；汉东陆海军都督（汉东军都督）和汉东陆军大都督、汉东海军大都督属于平等级别。不过，大都督、都督跟总督一样，都是不常设的官职，在需要时（爆发大规模战事）才会设立。
一州的政务，由刺史、知州、巡抚、州长史（刺史的秘书长）负责；
一郡的政务，由太守、知郡、郡长史（太守的秘书长）负责；
一县的政务，由县令、知县、县长史（县令的秘书长）负责。
县往下是乡，乡往下是村或庄，设立乡长、村长（庄长），设有相同级别的镇长和区长。中小的人口聚居地叫“镇”，较大的人口聚居地叫“城”，但不存在“城长”，城分为多个区，分由多个区长负责；另有“屯”（屯长）和“堡”（堡长），但主要在辽州、蒙州等边陲地区。
汉东以前的最高权力机构是汉东王府的“一堂六部”，如今，孔明已经掌控了朝廷中枢，汉东的一堂六部直接与汉室朝廷互相融合了，“汉东亲王府”几乎就可以被视为“汉室朝廷”，孔明对其再度进行了审时度势地一定变动。
五大实权重臣保持不变：丞相（曹操）、大司马（孔明）、太尉（杨彪）、大司空（刘备）、大司徒（刘虞）；
原先的“政事堂”恢复为“尚书台”，设立多位“参政尚书”，简称“尚书”，再设立“尚书令”负责处理日常国事，几位参政尚书轮流出任尚书令，一人一次一个月，从而防止集权；
每位参政尚书配有两名副手，官职为“参政侍郎”，参政侍郎的人数是参政尚书的两倍；
在尚书台之下就是六部：军部、吏部、户部、礼部、刑部、工部。
以上六部的各部最高长官改为“某部大臣”，每部大臣配有两名副职，称为“某部侍郎”，分为“某部左侍郎”和“某部右侍郎”；另外，军部内设立“陆军处”、“海军处”、“军机处”，此三处的最高长官也为“某大臣”即陆军大臣、海军大臣、军机大臣，此三处等同于后世的陆军总司令部、海军总司令部、总参谋部。
孔明逐一地任命着文武高层，在拟定好后，他只要把名单交给他的三夫人兼女皇帝刘慕，刘慕盖上玉玺，孔明的命令就变成了天子的圣旨诏书，可谓“方便至极”，做什么都很顺利。
另外，孔明又以皇帝和朝廷之名整顿了此时的军职和军衔。
军职、军衔，这是两个东西，军职是具体担任的军事职务，军衔是军人的级别，此二者在后世分得非常清楚，在此时比较模糊。汉朝时的军人级别分为三等：将军、中郎将、校尉。本来，此三者都是比较高的级别，但因为东汉末年战乱十分频繁，有功受封的军人越来越多，导致此时的中郎将变成了中高级的军官，校尉变成了中级的军官（时间越延后，级别越降低），
根据孔明的规定，军职和军衔按照级别由高至低依次是：
大将军（将军级，最高级的将军，对应大司马、太尉、大司空、大司徒的“三公”级别）；