鲁军的兵马主要由三大部分组成：第一，卢植当初调拨给孔融的六百兵马，由宗宝统领；第二，刘备、关羽、张飞的四百兵马，这部分兵马由关羽、张飞统领，刘备担任鲁国的国傅，这个职务不是军职；第三，三千五百兵马是孔明的，由太史慈、褚燕统领（典韦不单独领军，他的职责是孔明的保镖）。
如此，显而易见，孔融基本上是没有直系部队的，不过，宗宝对他还是很服从的，孔明毕竟是他的儿子，刘备也跟他关系很好，因此，不能说他只是一个“傀儡”，他对鲁军还是有很高的实际控制权的。鲁国下辖六个县（鲁、汶阳、薛、卞、邹、蕃），根据孔融的调遣：
宗宝、武安国部驻扎在鲁县；
关羽、张飞部驻扎在汶阳县；
太史慈、褚燕部分散地驻扎在薛县、卞县、邹县、蕃县。
众军进驻鲁国境内后，孔融和刘备根据孔明的提议，让士卒们分批离开鲁国，给予盘缠，令其返回老家把家人接过来定居团圆，比如太史慈，他此时就可以前去青州东莱郡黄县老家，把母亲接到鲁国定居了。此举，一来可免除士卒们思念家人之苦，二来可增强士卒们对鲁国这块土地的认可，假如有敌来犯，士卒们因为家人和家都在鲁国，自然奋勇作战、保家卫国。
在请示过豫州牧皇甫嵩并且得到皇甫嵩的批准后（皇甫嵩和卢植关系很好，皇甫嵩知道孔融是卢植旧部，自然给予关照，不过，皇甫嵩马上就要前去凉州平叛），孔融颁布了命令：
宗宝、武安国在鲁县募兵，将其部增至5000人，加紧操练以备战；
关羽、张飞在汶阳县募兵，将其部增至3000人，加紧操练以备战；
太史慈、褚燕在薛县、卞县、邹县、蕃县募兵，将其部增至10000人，加紧操练以备战。
如此，鲁军就会从来到鲁国时的4500人增至一万八千人，足以剿贼御敌、保境安民——剿贼御敌、保境安民肯定够了，但参加诸侯争霸、军阀混战肯定不够，不过，那是以后的事。
既然得到了扩军的允许，那么，鲁军自然要拿出战绩的，如果长期不打仗，鲁军的扩军之举未免惹来风言风语。跟黄巾军打了大半年的仗，孔明完全了解黄巾军除了少部分部队外，大部分都是一触即溃的土鸡瓦狗，不足为虑，更何况，鲁军拥有这么多猛将，不出去多剿点贼寇，让越多越好的地方的老百姓过上安生日子，未免浪费将才，同时，剿贼还有三大好处：一可通过实战锻炼部队，二可趁机捞点外快发点财，三可招募豪杰壮士。
鲁军拥有这么多猛将，窝在鲁国等着别人来打显然太小家子气，因此，鲁军是主动出击。
二月上旬，鲁军出击与鲁国隔着兖州山阳郡的兖州东郡，一战剿灭活动于当地的黄巾军残党王度部两千余人，斩杀王度，缴获钱粮不少；
二月下旬，鲁军出击与鲁国隔着兖州泰山郡的青州齐郡，一战剿灭活动于当地的黄巾军残党张饶（张余）部五千余人，斩杀张饶，缴获钱粮颇丰；
三月上旬，鲁军出击与鲁国隔着兖州泰山郡的青州济南郡、乐安郡，连战五天五夜消灭盘踞于二地的黄巾军残党徐和、司马俱部一万余人，斩杀徐和、司马俱，缴获钱粮不计其数；……
鲁军每次在剿贼胜利后，都把贼首和贼军头目斩首处死，至于投降和被俘的贼众，已经死了的就地掩埋，受伤的则任其自生自灭（一来，世道本就如此残酷，二来，医疗资源有限），受轻伤的和未受伤的一律押回鲁国充当劳工苦力（奴隶），用于开荒种地、修路、修筑工事、修建城垣，服役三年，期间如果表现良好，三年后就可以恢复自由，如果表现优异，还可以减少服役时间。这是孔明倡导的，这么做虽然凶横，但总比把他们全部处死得好，毕竟他们既有命也有希望。